La Sede di Pisa, istituita nel 1951, si è caratterizzata per una serie di peculiarità che ne hanno condizionato lo sviluppo e le scelte future. La presenza presso la Sede di un Centro Tori per la fecondazione artificiale, attivo fino al 1968, è stato alla base dell’acquisizione di terreni agricoli circostanti, i quali, funzionali per il mantenimento degli animali, negli anni hanno determinato che la Sede fosse in un contesto paesaggistico di rilievo. Un’altra peculiarità è stato il collegamento con la Facoltà di Medicina Veterinaria di Pisa che ha determinato una proficua collaborazione tecnico-scientifica e didattica.

Numerosi furono in quel periodo gli studi su alcune patologie ed in particolare sulle patologie equine, che poi portarono alla creazione di un centro di referenza nazionale. Ma le patologie sulle quali si fecero importanti studi scientifici, anche altre, citiamo gli isolamenti e gli studi epidemiologici sui virus influenzali equini, sul virus della Rinopolmonite equina e dell’Arterite virale. Ricerche furono condotte inoltre sull’Agalassia contagiosa, sulle Micoplasmosi aviarie, sulla Peste Suina Africana. Le ricerche sulla brucellosi comportarono che presso la Sede di Pisa si producesse il vaccino per la brucellosi degli ovicaprini denominato Rev1.

Gli studi sul virus dell’Anemia Infettiva equina, condotti in collaborazione con l’Istituto di Malattie Infettive della Facoltà di Medicina Veterinaria dell’Università di Milano e la Facoltà di Veterinaria di Maison Alfort, fecero si che presso la Sede si concentrasse un’attività di controllo della malattia in Italia e la produzione dell’antigene e del siero per la diagnosi. Da rilevare in quegli annia la collaborazione con l’Istituto Zooprofilattico di Perugia per la messa a disposizione dei laboratori a scatola chiusa per l’infezione sperimentale degli equini. La Sede di Pisa garantisce il servizio zooprofilattico ad un’area vasta costituita dalle provincie di Pisa, Massa C., Lucca, e Livorno. La qualificazione dei laboratori e l’accreditamento di numerose metodiche, in particolare nel settore della microbiologia degli alimenti, ne hanno determinato un forte impulso. La Sede è inoltre il laboratorio di riferimento per il PCF (Posti di Controllo Frontalieri) di Livorno.