Il consiglio di amministrazione, che dura in carica quattro anni, è nominato dal Presidente della Regione Lazio, che ne convoca la prima riunione, di concerto con la Regione Toscana ed è composto da tre membri muniti di diploma di laurea magistrale o equivalente ed aventi comprovata professionalità ed esperienza in materia di sanità pubblica veterinaria e sicurezza degli alimenti, di cui uno designato dal Ministro della salute e gli altri designati uno dalla Regione Lazio ed uno dalla Regione Toscana e non possono essere rinominati più di una volta.
Designazione componente e nomina del Consiglio di Amministrazione: Decreto del Presidente della Regione Lazio n° t00085 del 24/06/2025 Nomina del Presidente del CdA: Delibera CdA n° 1/ 2025