Il Centro di referenza svolge attività di ricerca di tipo applicato, in particolare focalizzata allo sviluppo ed alla validazione di metodi analitici, allo sviluppo di nuove metodologie per l’analisi del rischio, alla realizzazione di prodotti per la formazione a distanza ed al monitoraggio di OGM non autorizzati.
Di seguito vengono riportati i progetti di ricerca finanziati dal Ministero della Salute nell'ambito della ricerca corrente e della ricerca finalizzata, dei quali il CROGM è coordinatore e/o unità operativa.

• Sviluppo ed applicazione di sistemi analitici per l'analisi del rischio e per il controllo ufficiale degli OGM (ricerca corrente 2007)
• Monitoraggio di OGM non autorizzati all'importazione: costruzione di un sistema di screening in PCR applicabile a materie prime alimentari vegetali diverse da soia e mais (ricerca corrente 2006)
• Sviluppo di nuovi sistemi analitici per il controllo e l’analisi del rischio di alimenti contenenti o derivati da OGM (ricerca corrente 2005)
  
• Validazione di metodiche analitiche per la determinazione quantitativa di eventi di trasformazione di varietà di mais autorizzati nell’Unione Europea (ricerca corrente 2003)
  
• Determinazione di OGM in alimenti: sviluppo di prodotti formativi innovativi per l’esecuzione e la validazione di metodiche PCR (ricerca finalizzata 2001)
• Sviluppo e validazione di metodiche PCR per la ricerca agli OGM non autorizzati negli alimenti (ricerca corrente 2000)

• Rintracciabilità di viti (V. vinifera) geneticamente modificate e dei relativi prodotti nelle filiere vivaistica e viticoloenologica (ricerca corrente 2002)
• Analisi quantitativa OGM: standardizzazione nazionale di metodi analitici in real time PCR (ricerca finalizzata 2001)